بیشتر رهبران جبهه ملی بازداشت شده در شهریور ۱۳۳۲، در عرض یک سال آزاد شدند، ولی بسیاری از آنان یا از سیاست کنار کشیده و یا از ایران رفتند. اما برخی چون کریم سنجابی، شاپور بختیار، داریوش فروهر و خلیل ملکی به صحنه فعالیت سیاسی بازگشته۵۰ و در سالهای ۱۳۳۹-۱۳۴۲ با کاهش نسبی نظارتها و سخت گیریهای رژیم، به سازماندهی چند اعتصاب و راهپیمایی و انتشار یک روزنامه پرداختند. همچنین دو هوادار جبهه ملی، به نامهای محمود طالقانی و مهدی بازرگان به همراه چند تن از اصلاح‌طلبان همفکرشان مانند یدالله سحابی، نهضت آزادی ایران را تشکیل دادند.۵۱ بازرگان که فرزند یک بازاری ثروتمند و بسیار مذهبی بود، پس از تحصیل در پاریس، برای تدریس در دانشکده فنی به ایران بازگشت و در دوران مصدق، به عنوان نخستین مدیرعامل شرکت نفت ایران، راهی آبادان شد او که عقایدی عمیقاً ضد کمونیستی داشت، نظریه جدایی امور معنوی و دنیوی را رد می‌کرد و بر این باور بود که سیاست باید توسط مذهب، هدایت شود.۵۲۵۳ طالقانی که بعدها به مقام آیت‌اللهی رسید و به خاطر مخالفت با حکومت رضاشاه، سابقه زندانی شدن داشت، پس از کودتا، بر خلاف دیگر روحانیون، به عنوان روحانی سرشناس پشتیبان جبهه ملی در تهران شناخته می‌شد. او به عنوان رابط و حلقه ارتباطی دو گروه مخالف متفاوت، یعنی روحانیون و جبهه ملی نقش مهمی ایفا کرد و شاید به دلیل هم‌بند بودن با انقلابیون غیرمذهبی در دوران حبس‌های طولانیش، قادر به درک آنان بود. طالقانی در آثارش بر این هدف بود تا نشان دهد که تشیع اساساً با استبداد مغایر و با دموکراسی و همچنین سوسیالیسم موافق و سازگار است. در واقع او نیز مثل بازرگان، به دنبال از بین بردن شکافهای اسلام با جهان معاصر و همچنین اختلاف بین طبقه سنتی و محافظه کار با طبقه روشنفکر و مدرن (اختلافی که در شکست نهضت مشروطه و مبارزات ملی، اثری به سزا داشت) بود.۵۴۵۵ نهضت آزادی همچون دیگر گروه‌های وابسته به جبهه ملی، پس از قیام خرداد سال ۴۲، منحل و فعالیت آن غیرقانونی شد، با این وجود، همچنان به برگزاری گردهمایی‌های مخفی در تهران و سازماندهی نیروها در خارج از کشور، به ویژه آمریکای شمالی و فرانسه ادامه داد. از بین گروه‌های وابسته به جبهه ملی، نهضت آزادی بیشترین نقش را در انقلاب سال ۵۷ داشت و این موفقیت بیشتر مرهون روابط نزدیک نهضت با خمینی و تا حدودی هم تواناییهای بازرگان و طالقانی در جذب گروهی از متخصصان جوان و تکنوکراتهای رادیکال بود که درصدد تلفیق علوم جدید با اسلام بودند.۵۶ نهضت آزادی را در آمریکای شمالی، چهار روشنفکر مقیم خارج به نامهای محمد نخشب، ابراهیم یزدی، مصطفی چمران و عباس امیرانتظام، رهبری می‌کردند و در فرانسه نیز صادق قطب‌زاده و ابوالحسن بنی‌صدر از سازماندهان اصلی این نهضت بودند که می‌بایست مثل بازرگان، نقشهای حساسی را در سالهای نخست پس از انقلاب ۱۳۵۷، ایفا کنند.۵۷ اما روشنفکر برجسته نهضت آزادی و به عقیده برخی نظریه‌پرداز اصلی انقلاب ۱۳۵۷، علی شریعتی بود. شریعتی که از یک خانواده مذهبی و زمیندار خراسانی برخاسته بود، با استفاده از بورس دولتی برای تحصیل در زبان‌شناسی تطبیقی و جامعه‌شناسی به پاریس رفت و در آنجا همزمان با اوج گرفتن انقلابهای کوبا و الجزایر، به فعالیتهای سیاسی و شرکت در تظاهراتها پرداخت و به عضویت نهضت آزادی و کنفدراسیون دانشجویان ایرانی درآمد. او در کلاسهای درس شماری از استادان مارکسیست مثل ژرژ گورویچ و خاورشناسان علاقه‌مند به عرفان اسلامی چون لویی ماسینیون و هانری کوربَن شرکت جست و پس از مطالعه آثار ژان پل سارتر، ارنستو چه‌گوارا، وو نوین جیاپ و فرانتس فانون، آثاری از سارتر و فانون را به صورت کامل و یا ناتمام به فارسی ترجمه کرد. پس از بازگشت به ایران، در سال ۱۳۴۴، برای سخنرانی در حسینیه ارشاد، (که توسط گروهی از خیرخواهان مذهبی، تامین مالی می‌شد) به تهران رفت. نوار سخنرانیهای او در سطح گسترده پخش شد و مورد استقبال فراوان دانشجویان و دانش‌آموزان دبیرستانی به ویژه شهرستانیهای مذهبی قرار گرفت. ساواک با هراس روزافزون از محبوبیت وی، شریعتی را در اوایل دهه ۱۳۵۰ دستگیر و پس از مدتی حبس خانگی، مجبور به خروج از کشور نمود. شریعتی یک ماه پس از رفتن به لندن در سال ۱۳۵۶، به علت حمله شدید قلبی درگذشت، مرگی که توسط برخی به ساواک نسبت داده شد.۵۸۵۹ یگانه پیام روشن آثار و سخنان شریعتی این بود که اسلام - به‌ویژه تشیع - باوری «محافظه‌کارانه» و «قضا و قدری» که بیشتر روشنفکران غیر مذهبی بیان می‌کنند و یا ایمانی «شخصی و غیر سیاسی» که برخی علمای مرتجع ادعا می‌کنند، نیست؛ بلکه یک ایدئولوژی انقلابی است که باید با هرگونه ستمگری، استثمار و بی‌عدالتی به ویژه فئودالیسم، کاپیتالیسم و امپریالیسم مبارزه کند. به گفته او، رسالت محمد پیامبر اسلام نه تنها برقراری دین، بلکه تشکیل امتی پویا، انقلابی و در حال پیشرفت بود که به سمت جامعه‌ای بی‌طبقه و ایده‌آل حرکت کند. از دید شریعتی، امامان شیعه به ویژه حسین ابن علی، پرچم قیام و مبارزه را به این خاطر برافراشتند تا خلفای فاسد وقت را که اهداف اصلی اسلام و نظام توحیدی را به فراموشی سپرده بودند، گرفتار سازند. بسیاری بر این باور بودند که شریعتی خواهان تبدیل و دگرگونی اسلام از یک «دین» به یک «ایدئولوژی سیاسی» است، آنچه که در غرب، «اسلام رادیکال» یا «اسلام سیاسی» نامیده می‌شد.۶۰۶۱ شریعتی هرچند روش و دیدگاه مارکسیستی تقسیم جامعه را برای درک تاریخ مدرن لازم می‌دانست و تاحدود زیادی می‌پذیرفت، اما همچون فانون از برخی جنبه‌های مارکسیسم به ویژه مارکسیسم «نهادینه شده» احزاب کمونیست اُرتدوکس به شدت انتقاد می‌کرد و ضمن تاکید بر اهمیت اسلام در فرهنگ ایرانی، تنها راه شکست امپریالیسم برای ایران و سایر ملتهای جهان سوم را بازگشت به ریشه، میراث ملی و فرهنگ بومی خود، می‌دانست.۶۲ او حتی هنگام تاکید بر بازگشت به اسلام، همواره روحانیون محافظه‌کار را هدف انتقادهای صریح و غیر مستقیم قرار می‌داد و آنان را به همکاری با طبقه حاکم، «نهادینه‌کردن» تشیع انقلابی و در نتیجه تبدیل آن به مذهبی محافظه‌کارانه، متهم می‌کرد. شریعتی مشکل اصلی اسلام امروزی را پیوند نامقدس آن با «خرده-بورژوازی» می‌دانست. پیوندی که طبق آن، روحانیت، دین را برای بازاریان سهل و هموار می‌نمود و بازار نیز، دنیا را برای روحانیون مکانی خوشایند می‌ساخت. از اینرو وی، پدیدآورندگان «رنسانس» و «رفرماسیون» اسلامی در آینده را، بیشتر روشنفکران می‌دانست تا روحانیون سنتی.۶۳۶۴ شریعتی بین هزاران جوان شهرستانی که هرساله از دانشگاه‌های جدید، دبیرستانها، مدارس فنی حرفه‌ای و تربیت معلم فارغ‌التحصیل می‌شدند و همچون خود او، از طبقه متوسط سنتی جامعه (خانواده‌های بازاری، روحانی و خرده‌مالک) برخاسته و در محیطی مذهبی رشد یافته بودند، پیروانی پرشمار پیدا کرد و پس از بازترشدن فضای سیاسی در سال ۱۳۵۶ و خارج شدن آثارش از قید سانسور، صدها هزار جلد از کتابهای او به فروش رفت.۶۵۶۶ روحانیون مخالف در سالهای پس از قیام سال ۱۳۴۲، سه گروه متغیر، متداخل و در عین حال قابل تشخیص، در بین روحانیون شکل گرفت. گروه نخست که شاید بزرگترین گروه بود، از علمای غیر سیاسی تشکیل می‌شد که با وجود نارضایتی از برخی مشکلات اجتماعی مثل فساد، فحشا و الکلیسم، معتقد بودند که روحانیت باید از کار پلید سیاست دوری جسته و به مسائل معنوی و آموزش در حوزه‌ها بپردازد. با این حال این گروه، در سالهای ۱۳۵۴ تا ۱۳۵۶، به دلیل اجرای سیاستهای نامطلوب حکومت در خصوص بازار و نهادهای مذهبی به عرصه سیاست کشیده شدند.۶۷ گروه دوم یعنی روحانیون مخالف میانه‌رو، گرچه در مسائل مربوط به حق رای زنان و اصلاحات ارضی مخالف رژیم بودند، ترجیح می‌دادند که همچنان با شاه در ارتباط باشند تا سیاستهای وی را تعدیل کنند. کاظم شریعتمداری عالم بلندپایه قم، مجتهد سرشناس آذری و سخنگوی غیررسمی روحانیون آذربایجان، چهره شاخص این گروه بود که تنها خواستار اجرای کامل قانون مشروطه بودند.۶۸ اما گروه سوم، که می‌توان آنان را روحانیون مخالف نافرمان یا تندرو نامید، توسط خمینی از عراق رهبری می‌شدند و شبکه‌ای مخفی و غیررسمی در کشور داشتند. چهره‌های شاخص این گروه عبارت بودند از: حسینعلی منتظری، مدرس برجسته فقه اسلامی در قم، که به عنوان مخالف آشتی‌ناپذیر رژیم، سه بار به زندان افتاد؛ محمد بهشتی هوشیارترین عضو سیاسی گروه؛ مرتضی مطهری متفکر و نظریه‌پرداز عمده گروه؛ و دو روحانی جوانتر سازمان دهنده گروه به نامهای اکبر هاشمی رفسنجانی و علی خامنه‌ای. خمینی که از سال ۱۳۴۲، در نجف می‌زیست، به تدریج تعبیر خود از اسلام شیعه را گسترش داد. او چارچوب نظریه سیاسی خود را در سخنرانیهایش، در اواخر دهه ۱۳۴۰، تدوین و تنظیم کرد و سپس آنرا با عنوان «ولایت فقیه: حکومت اسلامی» بدون ذکر نام مولف، منتشر نمود. طبق نظریه جدید او، اقتدار سیاسی و مسئولیت حفظ امت اسلامی، از طرف امام دوازدهم شیعیان به مجتهدان متخصص در فقه اسلامی (فقها) واگذار شده‌است. استدلال وی این بود که خداوند، پیامبران و ائمه را به منظور وضع قوانین شرع برای هدایت امتها فرستاده‌است و در غیاب امام غایب، روحانیون به ویژه فقها، تنها مفسران و نگاهبانان حقیقی شریعت می‌باشند که حکومت باید به آنان سپرده شود. از دید روحانیون سنتی، ولایت فقیه، زمامداری فقها، تنها بر نهادها و مدارس مذهبی و همچنین افراد «محجور» یا ناتوان محسوب می‌شد، ولی خمینی این اصطلاح را بسط داد به طوری‌که تمام جامعه را در بر می‌گرفت.۷۱۶۴ نظریات سنت‌شکنانه خمینی تنها به ولایت فقیه محدود نمی‌شد؛ او برخلاف عقیده گذشته خود که همچون دیگر روحانیون از نظام مشروطه سلطنتی حمایت می‌کرد، اظهار داشت که نظام سلطنتی، سنتی «طاغوتی» است که از دوران «شرک» به ارث رسیده و با اسلام ضدیت دارد، چرا که پیامبر اسلام، پادشاهی موروثی را شیطانی و کفرآمیز خوانده‌است و حسین امام سوم شیعیان، پرچم قیام را برای نجات مردم از یوغ خلفا و سلاطین موروثی برافراشته‌است. او در تشریح دیدگاه سیاسی خود، حتی روحانیون غیرسیاسی و میانه‌رو را مورد بازخواست قرار می‌داد و گروه نخست را به ترک تکالیف شرعی خود، پناه بردن به حوزه‌های علمیه و پذیرفتن نظریه جدایی دین از سیاست که از دید او توطئه «امپریالیستها» بود، متهم می‌کرد.۷۲۷۳ خمینی در سخنرانیهای خود برای طلاب، از حکومت روحانیون حمایت می‌کرد، اما در اعلامیه‌های عمومی بحث روشنی از اینگونه حکومت به میان نمی‌آورد و از کاربرد ولایت فقیه خودداری می‌نمود. حتی اطرافیان او بعدها مدعی شدند که کتاب ولایت فقیه از جعلیات ساواک و یا یادداشتهای اصلاح‌نشده یکی از طلاب بوده‌است. در عوض، او استراتژی سال ۱۳۴۲، یعنی حمله به نقطه‌ضعفهای اصلی رژیم را ادامه می‌داد. شاه را به خاطر فروش کشور به امپریالیست‌ها و کمک به اسرائیل؛ نقض مشروطیت و زیرپانهادن قانون اساسی؛ حمایت از ثروتمندان و استثمار فقرا؛ نابودی فرهنگ ملی؛ تشویق و اشاعه فساد و هدر دادن منابع باارزش کشور در قصرها؛ خرید تسلیحات؛ نابودی کشاورزی و درنتیجه وابسته ساختن هرچه بیشتر ایران به غرب، مورد انتقاد قرار می‌داد. او ضمن مقایسه شاه با یزید، مومنان را به سرنگونی رژیم پهلوی و بیرون راندن امپریالیستها، فرامی‌خواند.۷۴ خمینی می‌کوشید تا بیشتر گروه‌های مخالف را با خود همراه کند، برای مثال هنگام اعتراض مطهری به سخنرانیهای «ضد روحانی» شریعتی در حسینیه ارشاد، سکوت کرد و حتی بدون نام بردن از شریعتی، به استفاده از شعارها و عباراتی که سخنرانان حسینیه ارشاد رواج داده بودند (مثل «مستضعفین، وارثان زمین خواهند بود»، «مردم، استثمارگران را به زباله‌دان تاریخ خواهند انداخت» و «دین افیون توده‌ها نیست»)، ادامه داد. بسیاری از جوانان متفکر، با شنیدن این عبارات ولی غافل از سخنرانیهای او در نجف، بی درنگ نتیجه گرفتند که خمینی با تفسیر شریعتی از اسلام انقلابی موافق است. در اواخر سال ۵۷ و هنگام نابودی حکومت پهلوی، محبوبیت خمینی در بین طرفداران شریعتی آنچنان بود که آنان - نه روحانیون - گامی برداشتند که احتمال تعبیر «کفر» در آن بود و به خمینی لقب «امام» که فقط مختص دوازده امام شیعه بود، را دادند. بدینسان، خمینی با تبلیغ پیام مبهم اما دلخواه توده‌ها، طیف گسترده‌ای از نیروهای اجتماعی و همچنین سازمانهای سیاسی مذهبی و سکولار را با خود همراه کرد.۷۵۷۶ سازمانهای چریکی . سازمانهای چریکی در تلاشی ناموفق برای شعله‌ور ساختن قیام سراسری، به یک رشته عملیات مسلحانه علیه حکومت دست زدند که معروفترین آنها قیام سیاهکل نام گرفت.۷۷۷۸ در سالهای خفقان پس از سرکوب سال ۱۳۴۲، شماری از دانشجویان دانشگاه‌ها که روشهای پیشین و مسالمت‌آمیز جبهه ملی و حزب توده را برای مبارزه با حکومت موفقیت آمیز نمی‌دانستند، گروه‌های مباحثه مخفی و کوچکی را برای بررسی تجربیات آنزمان چین، ویتنام، کوبا و الجزایر و ترجمه آثار مائو، جیاپ، چه‌گوارا و فانون تشکیل دادند. دستاورد این مباحثات و بررسیها، شکل‌گیری شماری گروه‌های کوچک مارکسیست و اسلامی بود که «تنها رَه رهایی» را «جنگ مسلحانه» و نبرد چریکی می‌دانستند. اصلی‌ترین این گروه‌ها، سازمان چریکهای فدایی خلق ایران و سازمان مجاهدین خلق ایران بودند.۷۹ پایه‌گذار فکری و شخصیت برجسته سازمان مارکسیستی چریکهای فدایی که به «فداییان خلق» نیز شهرت داشتند، بیژن جَزَنی بود. جزنی که در اواسط دهه ۳۰ چندبار به زندان افتاده بود، پیش از تشکیل گروه مخفی خود، در شاخه جوانان حزب توده فعالیت می‌کرد. او که تسلط بسیاری بر تاریخ ایران معاصر داشت، سالها بعد هنگام گذراندن محکومیت پانزده ساله‌اش در زندان، جزوه‌هایی برای سازمان فدایی نوشت. اعتقاد جزنی به مبارزه انقلابی شیفته‌وار بود و سخنان شورانگیز او درباره حزب پیشاهنگ طبقه کارگر، شاید به بهترین وجهی، بیانگر احساسات انقلابیون جوان به هنگام آغاز جنبش چریکی در سال ۴۹ باشد.۷۷۷۸ چهار سال پس از تشکیل گروه، ساواک در آن نفوذ کرد و موفق شد تعدادی از اعضا از جمله جزنی را دستگیر کند. اما اعضای باقی‌مانده به منظور آغاز نبرد چریکی و زدن جرقه قیام سراسری علیه حکومت، تیمی را به کوهستانهای پوشیده از جنگل گیلان (که منطقه مناسبی برای جنگ چریکی و جذب نیرو از روستاییان) بود فرستادند. برنامه گروه با دستگیر شدن دو تن از یارانشان به هم خورد و فداییان تصمیم گرفتند تا برای آزاد ساختن آنها، به محل حبس، یعنی پاسگاه ژاندارمری روستای سیاهکل حمله کنند. شاه پس از شنیدن خبر، نیروی عظیمی را برای مقابله به منطقه فرستاد و مهاجمان همگی کشته شدند. گرچه این رویداد یک شکست نظامی بود، فداییان و سایر گروه‌های چریکی، آنرا «قیام سیاهکل» نامیده و پیروزی تبلیغاتی بزرگی قلمداد کردند که توانسته بود کل رژیم را به هراس افکند.۸۰۸۱ پیشینه دیگر گروه چریکی اصلی «سازمان مجاهدین خلق» نیز همچون فداییان خلق به اوایل دهه ۱۳۴۰ بازمی‌گشت، با این تفاوت که افراد سازمان فدایی اغلب از اعضای سابق حزب توده و یا جناح مارکسیست جبهه ملی بودند، اما سازمان اسلامگرای مجاهدین را اعضای سابق جناح مذهبی جبهه ملی به ویژه نهضت آزادی تشکیل می‌دادند. نظریات «مجاهدین» شباهت بسیاری به اندیشه‌های شریعتی داشت، ازاینرو بسیاری، شریعتی را الهام‌بخش مجاهدین می‌دانستند، هر چند که مجاهدین پیش از آغاز سخنرانیهای شریعتی در سال ۴۶، چارچوب و مبانی نظری خود را فراهم ساخته بودند. با اینحال در سالهای بعدی، دیدگاه‌ها و تعبیرهای شریعتی درباره جنبه‌های انقلابی تشیع، تاثیری غیر مستقیم و چشمگیر بر سازمان مجاهدین گذاشت.۸۲ در نیمه نخست دهه ۱۳۵۰، فداییان، مجاهدین و سایر گروه‌های چریکی، به یک رشته عملیات مسلحانه جسورانه چون بمب‌گذاری در سفارتخانه‌های انگلیس و ایالات متحده و همچنین دفاتر آژانس هواپیمایی اسرائیل و مراکز پلیس؛ دستبرد زدن به بانکها؛ ترور برخی مقامات نظامی و انتظامی ایرانی و آمریکایی؛ و نیز تلاش برای ربودن اعضای خانواده سلطنتی، دست زدند.۸۳ به نظر می‌رسد که افزایش شمار زندانیان سیاسی، شکنجه، سرکوب و سانسور توسط ساواک در نیمه نخست دهه ۱۳۵۰، حاصل اینگونه عملیات چریکی بوده باشد.۸۴ در اواخر سال ۱۳۵۵، هر دو سازمان چریکی مجاهدین و فداییان خلق که بسیاری از اعضایشان دستگیر و یا اعدام شده و متحمل تلفات سنگینی شده بودند، به تجدیدنظر در تاکتیکهای خود پرداختند. گرچه جنبش چریکی نتوانست رژیم را سرنگون کند، در اواخر سال ۱۳۵۶، با به حرکت درآمدن موج انقلاب و آزادی زندانیان سیاسی، چریکها به ویژه فداییان، در موقعیت بهتری قرار گرفته و به جذب نیروهای جدید و انبارکردن سلاح پرداختند و در ۲۰- ۲۲ بهمن ماه ۱۳۵۷ (تقریباً در هشتمین سالگرد حماسه سیاهکل)، هنگام پایان کار رژیم پهلوی، آخرین تیرهای خلاص خود را به جسد نیمه جان رژیم شلیک کردند